כרתים שקועה בעושר כזה של היסטוריה עתיקה שלא מפתיע שיהיו בה מוזיאונים מעולים. מוזיאונים רבים ממוקמים בכל רחבי האי כרתים ובמיוחד בעיר הבירה הרקליון וגם בערים אנו ויאנוס, חאניה ורית'ימנו.
המוזיאון הארכאולוגי של הרקליון
המוזיאון הארכיאולוגי של הרקליון בכרתים הוא אחד מהמוזיאונים הטובים ביותר ביוון ובעולם בכל הנוגע לאמנות המינואית שכן הוא מכיל את האוסף הבולט ביותר ומלא בחפצים של התרבות המינואית של כרתים. המוזיאון הוקם בשנת 1883 והכיל אוסף פשוט של עתיקות. מבנה ייעודי למוזיאון נבנה בשנים 1904-1912 בעידוד שני ארכיאולוגים בכרתים, יוסיף חאג'ידאקיס וסטפאנוס חאנטודידיס.
בקומת הקרקע של המוזיאון יש 13 חדרי תצוגה פתוחים למבקרים בעוד שבקומה הראשונה מצויים שברי רצפת פרסקו המקוריים שנלקחו מהארמון המינואי של קנוסוס. כל הפריטים המוצגים במוזיאון הארכיאולוגי של הרקליון נלקחו אך ורק מאתרים ארכיאולוגיים בכרתים. הפריטים המוצגים במוזיאון מסודרים בסדר כרונולוגי. המבקרים יכולים לראות במוזיאון את האבולוציה של כלי החרס מהתקופה הניאוליתית (5000-2500 לפנה"ס) ועד התקופה שלאחר הארמון (1400 - 1100 לפנה"ס).
ב-4 לנובמבר 2012 (יום ראשון) יפתח מחדש במוזיאון הארכיאולוגי של הרקליון אולם התצוגה שיציג את ציורי הקיר של קנוסוס לאחר עבודות שיפוץ נרחבות. ציורי הקיר הם בין המוצגים החשובים ביותר של המוזיאון המתארים את תרבות החברה המינואית.