המוזיאון הארכיאולוגי של חאניה בכרתים נמצא ברחוב חלידון במרכז העיר העתיקה ומכיל את האוסף הארכיאולוגי מחאניה. האוספים הארכיאולוגים של חאניה הוצגו בעבר במבנים ציבוריים שונים. מאז שנת 1963 שכנו הפריטים, באופן זמני, בכנסייה הוניציאנית של סנט פרנסיס, שבעבר הייתה שייכת לנזירים הפרנציסקנים, האנדרטה החשובה של העיר. לא ידוע בדיוק מתי הכנסייה נבנתה, אך המקורות הכתובים אומרים שעמדה ברעידת האדמה של 1595 שהייתה הגדולה בעיר. מאוחר יותר זה הפך למרכז למסגד טורקי המוקדש ליוסוף פחה, כובש חאניה. בתחילת המאה ה-20 המסגד הפך לקולנוע. לאחר מלחמת העולם השנייה הוא שימש כמחסן אספקה, בעוד בשנת 1963 הפך למוזיאון הארכיאולוגי של חאניה, תפקיד אותו מילא עד היום.
שעות פעילות במוזיאון
המוזיאון הארכיאולוגי של חאניה פתוח כל יום חוץ מימי שני עד שעה 3 בצהריים.